Ζωηρό παρασκήνιο κρύβει η αιφνίδια κρίση στις σχέσεις της κυβέρνησης με την Εκκλησία της Κρήτης, η οποία με σκληρό ανακοινωθέν κατήγγειλε επιχειρούμενη «ανεπίτρεπτη παρέμβαση» και «επικίνδυνο προηγούμενο, όπου η Πολιτεία διά ερμηνευτικών διατάξεων θα δύναται να τροποποιεί μονομερώς τον Καταστατικό Χάρτη».
Εν ολίγοις: Η Εκκλησία της Κρήτης προωθεί στην χηρεύουσα μητρόπολη Κυδωνίας και Αποκορώνου τον Μητροπολίτη Κισάμου και Σελίνου, Αμφιλόχιο. Οι χειρισμοί που έχουν γίνει δεν τυγχάνουν της αποδοχής του Οικουμενικού Πατριαρχείου, στο οποίο υπάγεται με καθεστώς ημιαυτονομίας η Εκκλησία της Κρήτης. Το Φανάρι διαμηνύει ότι διατηρεί το ενδιαφέρον του και τον ρόλο να επιβλέπει τη διαδικασία. Απευθύνεται στην Αθήνα και ζητά από την κυβέρνηση να γίνει ερμηνευτική παρέμβαση, όσον αφορά τη δυνατότητα μετακίνησης εν ενεργεία μητροπολιτών της Εκκλησίας της Κρήτης σε χηρεύουσα μητρόπολη. Το υπουργείο Παιδείας, με τη συμβολή ειδημόνων επί του θέματος, συντάσσει την απάντηση, η οποία μπλοκάρει το «μεταθετό», τη δυνατότητα δηλαδή μετακίνησης του μητροπολίτη και την στέλνει στο Φανάρι, το οποίο αποφαίνεται ότι η ερμηνεία «θεωρείται ως η νόμιμος και κανονική», όπως ενημερώνει εγγράφως την Εκκλησία της Κρήτης.
Η Εκκλησία της Κρήτης στρέφει τα βέλη της εναντίον της κυβέρνησης και προχθές, ενόψει κατάθεσης της σχετικής τροπολογίας στη Βουλή, ασκούνται πιέσεις σε βουλευτές όλων των κομμάτων να πάρουν θέση. ΠΑΣΟΚ, ΣΥΡΙΖΑ και Ελληνική λύση, ζητούν την απόσυρση της τροπολογίας και την επανακατάθεσή της αφού προηγηθεί διαβούλευση. Η υπουργός Παιδείας, Σ. Ζαχαράκη, δηλώνει ότι «δεν υπάρχει καμία πρόθεση παρέμβασης, το υπουργείο Παιδείας να νομοθετήσει εν κενώ. Ζητήθηκε από το Οικουμενικό Πατριαρχείο μία ερμηνευτική διάταξη».
Ο μητροπολίτης Αμφιλόχιος που φαίνεται να είναι το μήλο της έριδος στην διαμάχη Εκκλησίας της Κρήτης-Οικουμενικού Πατριαρχείου, θεωρείται πολύ ισχυρός στο νησί. Ήταν αυτός που πρόσφατα τέλεσε τους γάμους του Παύλου Ντε Γκρές και της Χρυσής Βαρδινογιάννη, ενώ τον περασμένο Οκτώβριο είχε απασχολήσει τα μέσα ενημέρωσης γιατί είχε μιλήσει με σκληρά λόγια για τις γερμανικές αποζημιώσεις και τα μνημόνια, στον Γερμανό Πρόεδρο Φ. Σταϊνμάιερ που είχε επισκεφθεί την Κρήτη.
Αφετηρία της της ρήξης στις σχέσεις του Αμφιλόχιου με το Φανάρι, είναι το γεγονός ότι δεν τον επέλεξε για τη θέση του Αρχιεπισκόπου Κρήτης τον Ιανουάριο του 2022, και τώρα η προσπάθεια να αγνοηθεί η βούληση του Πατριαρχείου, στην πλήρωση της μητρόπολης Κυδωνίας και Αποκορώνου. Για την ιστορία, επισήμως από το Οικουμενικό Πατριαρχείο λένε ότι ζήτησαν την ερμηνευτική παρέμβαση για να αποφευχθεί μια πιθανή προσφυγή στο ΣτΕ για ακυρότητα εκλογής, η οποία θα μπορούσε να οδηγήσει σε πολυετή δικαστική εκκρεμότητα.