Πριν ο στρατηγός Σίσι ανατρέψει -το 2012- τον πρώτο δημοκρατικά εκλεγμένο πρόεδρο, Μοχάμεντ Μόρσι, ο Ερντογάν είχε συμφωνήσει να προσφέρει στην Αίγυπτο το πρώτο από μια σειρά δανείων και υποσχόταν να διπλασιάσει τις εμπορικές συναλλαγές των δύο χωρών σε 10 δισ. δολ. Η συμφωνία φαινόταν ιδανική και για τις δύο. Η Τουρκία είχε την πιο εξελιγμένη οικονομία της Μέσης Ανατολής και η Αίγυπτος ήταν η μεγαλύτερη αγορά, με άφθονο διαθέσιμο εργατικό δυναμικό.
Ο Σίσι ανέτρεψε τον Μόρσι επειδή θεωρούσε ότι η Μουσουλμανική Αδελφότητα με την οποία εκλέχθηκε, ήταν απειλή για την Αίγυπτο, και ο Ερντογάν, που τότε ακόμα παρουσιαζόταν ως δυτικότροπος και φιλελεύθερος, χαρακτήρισε τον Σίσι «παράνομο τύραννο». Έδωσε στους ηγέτες της Μουσουλμανικής Αδελφότητας άσυλο στην Τουρκία και ο Σίσι απάντησε χαρακτηρίζοντας persona non grata τον Τούρκο πρέσβη στο Κάιρο. Ο Ερντογάν ανταπέδωσε, και ξεκίνησε η χαμένη δεκαετία για τις δύο χώρες.
Η διαμάχη τους κλιμακώθηκε το 2017, καθώς η Αίγυπτος (μαζί με τη Σαουδική Αραβία, τα Εμιράτα και το Μπαχρέιν) διέκοψε διπλωματικές σχέσεις με το Κατάρ, τον στενότερο σύμμαχο της Τουρκίας στον Αραβικό Κόλπο. Το 2020 ο Ερντογάν έστειλε τον στρατό του στη Λιβύη, για να στηρίξει την κυβέρνηση της Τρίπολης, απέναντι στην ανταρσία του στρατηγού Χαφτάρ, που στήριζε η Αίγυπτος. Λίγο αργότερα η Αίγυπτος μαζί με Ελλάδα, Κύπρο, Ιταλία, Ισραήλ και Ιορδανία ίδρυσαν το EastMed Gas Forum, από το οποίο απέκλεισαν την Τουρκία.
Τουρκία και Αίγυπτος είχαν -πριν από 10 χρόνια- τη δυνατότητα να εξελιχθούν στον ισχυρότερο οικονομικό πόλο στη Μέση Ανατολή και Βόρεια Αφρική. Τώρα και οι δύο χώρες μπορούν να χαρακτηριστούν ως «μεγάλοι ασθενείς» της περιοχής. Και οι δύο οικονομίες μαστίζονται από καλπάζοντα πληθωρισμό και είναι υποχρεωμένες να αναζητήσουν στήριξη από τις χώρες του Κόλπου, την Ινδία και την Κίνα.
Καθώς βελτιώνονται οι σχέσεις των δύο χωρών, μπορεί να εμφανιστούν νέες ευκαιρίες. Ασφαλώς υπάρχει δυναμική για τη συνεκμετάλλευση των ενεργειακών πόρων της ανατολικής Μεσογείου, ιδίως αν ο Σίσι γεφυρώσει τις διαφορές της Τουρκίας με τις υπόλοιπες χώρες της περιοχής. Έχει χαθεί όμως η μεγάλη ευκαιρία που είχαν όταν ακόμα μπορούσαν να λειτουργήσουν ως αντίβαρο στην ισχύ των πετρελαιο-χωρών του αραβικού κόσμου, να προσελκύσουν άλλες χώρες της περιοχής (π.χ. Ιράκ και Λιβύη) σε έναν ενιαίο οικονομικό χώρο, να διεκδικήσουν από κοινού μεγαλύτερο μερίδιο στην αγορά της Αφρικής και να αποκτήσουν ισχυρότερο γεωπολιτικό ρόλο στον νότο.
