Από το 1970 που ιδρύθηκε, ο ΟΣΕ δεν κατάφερε ποτέ να μεγεθυνθεί. Το ελληνικό κράτος προτιμούσε διαχρονικά να φτιάχνει δρόμους για τα αυτοκίνητα παρά γραμμές για τον σιδηρόδρομο. Μικρά και μεγάλα συμφέροντα, από συνδικαλιστικά ως εργολαβικά, και μια βαθιά ριζωμένη πελατειακή αντίληψη που τον ταλαιπωρεί ως σήμερα, δεν του επέτρεψαν να ορθοποδήσει.
Σταδιακά ξεκίνησε η διάσπαση του: Το 2005 ο ΟΣΕ χωρίστηκε σε δύο θυγατρικές, την ΤΡΑΙΝΟΣΕ , που ανέλαβε την εκμετάλλευση του δικτύου και τον ΕΔΙΣΥ για την σιδηροδρομική υποδομή. Το 2008 η ΤΡΑΙΝΟΣΕ με απαίτηση της Κομισιόν διαχωρίστηκε από τον ΟΣΕ, που είχε χρέη 4,5 δις. ευρώ, και το 2010 η τρόικα πίεσε για την ιδιωτικοποίηση της, η οποία υλοποιήθηκε το 2017 με την πώληση της στην ιταλική Ferrovie dello Stato Italiane αντί 45 εκατομμυρίων ευρώ.
Η ιδιωτικοποίηση συνδέθηκε με τη διαγραφή των χρεών του ΟΣΕ. Σύμφωνα με την Κομισιόν, το νέο τοπίο θα ενίσχυε τον ανταγωνισμό και την ποιότητα των υπηρεσιών για τους επιβάτες.
Αυτό που δεν έλαβε υπόψη κανένας ήταν ότι ο ΟΣΕ εκπροσωπούσε το ελληνικό δημόσιο στις συγκοινωνίες σταθερής τροχιάς. Το υπουργείο Μεταφορών δεν είχε εποπτικό ρόλο μέχρι πρότινος, και η πολυδιάσπαση από διαδοχικές κυβερνήσεις ΠΑΣΟΚ, ΝΔ, ΣΥΡΙΖΑ, της αρχικής εταιρείας σε πέντε νέες οδήγησε σε μυριάδες προβλήματα. Ο ΟΣΕ σταδιακά μετατράπηκε στο παραπαίδι του συστήματος και απαξιώθηκε. Μάλιστα από τον Οκτώβριο που αναδιαρθρώθηκαν οι σιδηροδρομικοί φορείς ανέλαβε και νέες αρμοδιότητες υλοποίησης έργων ενώ το προσωπικό του διαρκώς μειώνεται. Το 2011 η διοίκηση του θεωρούσε ότι δεν μπορεί να λειτουργήσει με λιγότερους από 2.100 εργαζόμενους, σήμερα έχει περίπου 800.
Το τροχαίο υλικό και τα συστήματα λειτουργίας των τρένων έχουν υποστεί βανδαλισμούς, κλοπές, φθορές. Πολλά έργα, παραλαμβάνονται προς χρήση, όχι οριστικά, και στη συνέχεια ανοίγει ένας δικαστικός κύκλος ανάμεσα στον ανάδοχο και στον ΟΣΕ που οδηγεί σε μια επιπρόσθετη σύμβαση. Η φύλαξη είναι ελλιπής, η συντήρηση ανύπαρκτη. Ότι σημαντικό χαλάει, εγκαταλείπεται. Για παράδειγμα, στο τμήμα από το Παλαιοφάρσαλο ως το Πλατύ το σύστημα απεικόνισης δεν λειτουργεί γιατί τα καλώδια κάηκαν πριν από 5 – 6 χρόνια και η βλάβη δεν επιδιορθώθηκε ποτέ. Το 2017 αποκαλύφθηκε κύκλωμα στο οποίο συμμετείχαν και υπάλληλοι του ΟΣΕ που έκλεβε υλικό προς εκποίηση και το πουλούσε ως σκραπ, αλλά έστηνε και διαγωνισμούς για την πώληση υλικών. Ακόμα και ο προαστιακός στην Αθήνα, που θεωρείται από τα πιο καλοσυντηρημένα τμήματα του δικτύου, λειτουργεί οριακά γιατί δεν έχει γίνει ποτέ ανάταξη του.
Η σύμβαση 717, που αφορούσε την ανάταξη και αναβάθμιση του συστήματος σηματοδότησης – τηλεδιοίκησης ύψους 45 εκ. ευρώ, υπογράφηκε τον Σεπτέμβριο του 2014 με ημερομηνία περάτωσης τον Σεπτέμβριο του 2016. Αφορούσε το σύστημα ETCS (αυτόματη προστασία συρμών). Μετά τις εκλογές του 2015 τέθηκε θέμα επαναδιαπραγμάτευσης των όρων της σύμβασης, η υλοποίηση καθυστέρησε και άρχισαν οι παρατάσεις, συνολικά επτά. Το 2021 η ΕΡΓΟΣΕ ενέκρινε νέα παράταση για 16 μήνες, καθώς προέκυψαν επιπλέον εργασίες για την ολοκλήρωση του, ύψους 13,3 εκ. ευρώ. Τον Δεκέμβριο του 2022 δόθηκε νέα παράταση που λήγει αυτόν τον μήνα. Και να είχε εγκατασταθεί το σύστημα θα ήταν επιπέδου 1, ενώ στην υπόλοιπη Ευρώπη λειτουργούν ήδη με επίπεδο 3. Ακόμα και αυτό όμως θα αρκούσε για να αποφευχθεί η μετωπική σύγκρουση των δύο τρένων. Και όλα αυτά ενώ έχουν δαπανηθεί επί πολλά χρόνια δεκάδες εκατομμύρια και εθνικούς πόρους και κοινοτικά κονδύλια για τις σιδηροδρομικές υποδομές -πρόσφατα μάλιστα το αρμόδιο υπουργείο εξήγγειλε έργα ύψους 4,5 δις. ευρώ.
