Η ιστορία του νοσοκομείου ξεκινά το 1454, στο Karaköy, όπου βρίσκεται το «Büyük Balıklı Han». Μεταφέρθηκε έξω από τα τείχη της πόλης, λόγω της επιδημίας πανώλης, τον 18ο αιώνα. Χτίστηκε το 1753 από την εμπορική στοά bakallar, με το όνομα «Νοσοκομείο Yedikule». Τα ξύλινα κτίρια του νοσοκομείου καταστράφηκαν στην πυρκαγιά το 1790 και ξαναχτίστηκαν με τη συμβολή του Πατριάρχη 7ου Νεόφυτου και του μεταφραστή Bab-ı Ali, Γιώργου Χουμούζι.
Το 1794, το ίδρυμα πλέον δέχεται χρόνιους ασθενείς και ανθρώπους που ζουν στους δρόμους.Στην διαχείριση του νοσοκομείου, περνά η εκκλησία της Παναγίας στο Μπαλουκλί, ενώ το 1816 προσαρτήθηκε και ο ναός της Παναγίας στο Εγρικάπι, καθώς δεχόταν ψυχιατρικούς ασθενείς στα βοηθητικά του κτίρια.
Με το διάταγμα του Μαχμούτ Β’, χτίστηκε το 1836-1838 νέο νοσοκομείο, μαζί με το Yedikule, όπου το 1839 θα μεταφέρονταν οι ασθενείς των άλλων δύο ελληνικών νοσοκομείων της Κωνσταντινούπολης.
Μετά το σεισμό του 1894, χτίστηκαν νέα κτίρια, ενώ ένα αιώνα αργότερα το νοσοκομείο ανακαινίζεται.
Το 1994 ιδρύθηκε εκεί η πρώτη ιδιωτική κλινική της Τουρκίας για τη θεραπεία του εθισμού στο αλκοόλ και τις ουσίες.
Το νοσοκομείο ανήκει στο Ίδρυμα του Μπαλουκλί το οποίο έχει συχνά βρεθεί στα φώτα της δημοσιότητας λόγω αντιδικιών για ιδιοκτησίες του και για δημεύσεις από το τουρκικό κράτος.
