Στην αρχή της πανδημίας διαχώρισε τη θέση του από την υπόλοιπη Ιερά Σύνοδο, αμφισβητώντας,  κατά κύριο λόγο, τα μέτρα. Από τις 21 Νοεμβρίου ο 76χρονος μητροπολίτης Αιτωλίας και Ακαρνανίας, Κοσμάς, νοσεί από την covid-19 αλλά επιμένει να ακολουθεί τον δικό του δρόμο νοσηλείας παρά το γεγονός ότι η κατάστασή του έχει επιδεινωθεί. 

Ο κ. Κοσμάς από την πρώτη στιγμή που διαγνώστηκε με τον ιό παρέμεινε σπίτι του όπου τον φροντίζουν οι συγγενείς του. Αυτοί, σύμφωνα με πληροφορίες, όταν διαπίστωσαν ότι η κατάσταση της υγείας του χειροτερεύει κάλεσαν ασθενοφόρο να τον μεταφέρει στο νοσοκομείο αλλά αρνήθηκε. Η  διακομιδή του στο νοσοκομείο κρίθηκε απαραίτητη από τους δικούς του γιατί είχε μειωθεί το οξυγόνο και δεν μπορούσαν  να τον υποστηρίξουν καθώς στην περιοχή είχε και διακοπή ρεύματος.

Όπως έγινε γνωστό , συμβουλές για την ιατροφαρμακευτική του περίθαλψη του δίνει  γιατρός από τον  Βόλο, ο οποίος καθοδηγεί μια μοναχή γιατρό, που είναι κοντά στον Μητροπολίτη για να τον φροντίζει.

Ο Αιτωλίας μαζί με τον μητροπολίτη Κυθήρων Σεραφείμ είναι οι δύο Ιεράρχες οι οποίοι έχουν παραπεμφθεί στο Συνοδικό Δικαστήριο για την στάση τους έναντι των μέτρων .Είναι από τους αντιεμβολιαστές και αυτοί οι οποίοι αρνήθηκαν  πέρυσι το Πάσχα  να τελέσουν την αναστάσιμη λειτουργία στις 9 το βράδυ αντί τα μεσάνυχτα, παρά την εγκύκλιο της Συνόδου. Και οι δύο επιμένουν στις απόψεις τους και για τον λόγο αυτό θα οδηγηθούν σε δίκη. Παρά την στάση του όμως, θα πρέπει να τονιστεί ότι ο κ. Κοσμάς, αν και εκ των ζηλωτών, είναι ιδιαίτερα αγαπητός εντός και εκτός Εκκλησίας.